NFU utövar sin verksamhet genom unionsrådet, styrelsen, presidenten och sekretariatet.

NFUs stadgar är giltiga från och med den 5 oktober 2006.

Unionsrådet som är högsta beslutande organ består av presidenten jämte av medlemsförbunden utsedda ombud. Förbunden är representerade i unionsrådet i relation till hur många anslutna medlemmar de har. Unionsrådet fastställer stadgar och medlemsavgift, godkänner bokslut och verksamhetsberättelse, beslutar om sekretariatets lokalisering, om upptagande av medlemsförbund och upplösning av unionen. Unionsrådet väljer president och vicepresident inom sig.

Styrelsen, som består av en ledamot per medlemsförbund, utses av medlemsförbunden själva. Två av ledamöterna ska vara NFUs president och vicepresident. Styrelsen svarar för uttalanden och aktioner på samlad nordisk och internationell nivå och för koordinering av förbundens internationella arbete och representation. Styrelsen fastställer budget och verksamhetsplan.

Posten som president i NFU innehas av Jorunn Berland, ordförande för Finansforbundet i Norge. Vicepresident är Ulla-Britt Lundquist, vice ordförande i FTF - Facket för försäkring och finans, Sverige. Unionens sekretariat är lokaliserat vid det svenska Finansförbundets kansli i Stockholm. Där arbetar Christina J Colclough, Magnus Lundberg och Arvid Ahrin-Larsson